GratuitSkills
Commits, branches et synchronisation avec la CLI but
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Compatible avec
- Claude Code
- Codex
- Cursor
- et 3 autres
Pipelines bioinformatiques reproductibles v1.0.0
Utilisez cette ressource pour construire un pipeline bioinformatique reproductible
Nouveau
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Gratuit
Installer avec la CLI
Dans un terminal, depuis le dossier voulu :
npx --yes palatekit@latest install bioinformatics-pipeline-workflowsSans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.
Première fois : connectez la CLI avec
npx --yes palatekit@latest loginL'agent vous aide à construire et maintenir des pipelines bioinformatiques avec Nextflow, Snakemake ou WDL/Cromwell, avec orchestration de conteneurs et bonnes pratiques de reproductibilité. Vous obtenez une structure de pipeline et les erreurs à éviter à grande échelle.
Choisie surtout par
Mise à jour le 2 novembre 2026
Aperçus
Caractéristiques
- Fonctionne dans
- Guides d'installation
- Génère avec
- Le modèle de votre agent
- Licence
- Apache-2.0
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- Codex
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Ce que vous obtenez
- SKILL.md : rôle et règles d'usage des références
- references/patterns.md : modèles de workflows et de conteneurs
- references/sharp_edges.md : erreurs d'échelle et de reproductibilité
Pour qui
- Vous traitez des séquences avec des étapes à enchaîner et à reproduire
- Votre pipeline tourne sur un poste et doit passer sur un cluster
Pas pour qui
Étiquettes
- bioinformatique
- nextflow
- snakemake
- pipeline
À propos
Vous dites
« Transforme mes scripts d'analyse d'ARN-seq en pipeline Nextflow qui tourne dans des conteneurs. »
Skill publiée par omer-metin sous licence Apache-2.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.
Voir plusVoir moins
Comment l'utiliser
- Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
- Demandez à votre agent de construire un pipeline bioinformatique reproductible
- Relisez et ajustez le résultat
Aperçu du contenu
Fichiers
- LICENSE10,1 Ko
- NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
- references/patterns.md14,1 Ko
- references/sharp_edges.md7,9 Ko
- references/validations.md3,4 Ko
- SKILL.md1,1 Ko
Origine et licence
Référencée sans modification
- Auteur
- omer-metin
- Source
- github.com/omer-metin/skills-for-antigravity/tree/e8dcf4e8737921a10088bd5c9eb65e81f74c051f/skills/bioinformatics-workflows
- Licence
- Apache-2.0
Notice
« bioinformatics-workflows » (omer-metin, Apache-2.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.
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