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Docking moléculaire avec DiffDock NIM v1.0.0

Utilisez cette ressource pour prédire des poses de liaison ligand-protéine avec DiffDock NIM

Nouveau

  • 474 téléchargements
  • 124 mentions J'aime
  • 108 sauvegardes

Gratuit

Installer avec la CLI

Dans un terminal, depuis le dossier voulu :

npx --yes palatekit@latest install diffdock-molecular-docking-nim

Sans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.

Première fois : connectez la CLI avec

npx --yes palatekit@latest login

L'agent choisit le mode hébergé ou local, prépare la protéine et le ligand (SMILES ou SDF), puis lance le docking en aveugle. Vous obtenez les poses classées avec leurs scores de confiance, enregistrées avec un rapport.

Choisie surtout par

Mise à jour le 2 novembre 2026

Carte de la skill « Docking moléculaire avec DiffDock NIM »

Caractéristiques

Guides d'installation
Génère avec
Le modèle de votre agent
Licence
CC-BY-4.0

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Tout voir

Ce que vous obtenez

  • references/api.md : points d'accès et schémas
  • references/parameters.md : formats de ligands, nombre de poses et contrôles
  • references/validation.md : contrôles de la protéine, du ligand et des poses

Pour qui

  • Vous voulez classer des ligands candidats face à une cible protéique
  • Vous testez un ligand en docking aveugle, sans site de liaison connu

Pas pour qui

    Étiquettes

    • docking
    • protéines
    • ligand
    • nim

    À propos

    Vous dites

    « Lance un docking aveugle de ce ligand SMILES contre ma protéine PDB. »

    Carte de la skill « Docking moléculaire avec DiffDock NIM »

    Skill publiée par nvidia sous licence CC-BY-4.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.

    Voir plus

    Comment l'utiliser

    1. Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
    2. Demandez à votre agent de prédire des poses de liaison ligand-protéine avec DiffDock NIM
    3. Relisez et ajustez le résultat

    Aperçu du contenu

    Fichiers

    • BENCHMARK.md7 Ko
    • config/skillspector-baseline.yml0,9 Ko
    • evals/config.yml0,1 Ko
    • evals/evals.json6,6 Ko
    • evals/files/protein.pdb249,8 Ko
    • evals/trigger_evals.json2,2 Ko
    • LICENSE11,3 Ko
    • NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
    • references/api.md4,7 Ko
    • references/examples.md2,1 Ko
    • references/parameters.md1 Ko
    • references/science.md2 Ko
    • references/validation.md1,8 Ko
    • skill-card.md4,4 Ko
    • SKILL.md4,3 Ko
    • skill.oms.sig6,5 Ko

    Origine et licence

    Référencée sans modification

    Auteur
    nvidia
    Source
    github.com/nvidia/skills/tree/ca116d60beafe1b4459f0ab790b7b450912c56b0/skills/bionemo-diffdock-nim
    Licence
    CC-BY-4.0

    Notice

    « diffdock-nim » (nvidia, CC-BY-4.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.

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