GratuitSkills
Commits, branches et synchronisation avec la CLI but
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Compatible avec
- Claude Code
- Codex
- Cursor
- et 3 autres
Simulations de dynamique moléculaire avec OpenMM v1.0.0
Utilisez cette ressource pour préparer, simuler et analyser une dynamique moléculaire
Nouveau
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Gratuit
Installer avec la CLI
Dans un terminal, depuis le dossier voulu :
npx --yes palatekit@latest install molecular-dynamics-simulationSans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.
Première fois : connectez la CLI avec
npx --yes palatekit@latest loginL'agent prépare le système et le champ de force, enchaîne minimisation, équilibration et production, puis calcule les analyses de trajectoire. Vous obtenez un script de simulation et des graphiques d'analyse.
Choisie surtout par
Mise à jour le 2 novembre 2026
Aperçus
Caractéristiques
- Fonctionne dans
- Guides d'installation
- Génère avec
- Le modèle de votre agent
- Licence
- MIT
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- et 3 autres
Ce que vous obtenez
- SKILL.md : flux OpenMM complet, du système à la production
- references/ : préparation du système et analyses de trajectoire avec MDAnalysis
Pour qui
- Vous étudiez la stabilité d'une protéine ou la liaison d'un ligand
- Vous voulez le RMSD d'une trajectoire existante
Pas pour qui
Étiquettes
- dynamique moléculaire
- OpenMM
- MDAnalysis
À propos
Vous dites
« Simule cette protéine dans l'eau, minimise, équilibre, puis calcule le RMSD sur 10 ns. »
Skill publiée par k-dense-ai sous licence MIT. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.
Voir plusVoir moins
Comment l'utiliser
- Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
- Demandez à votre agent de préparer, simuler et analyser une dynamique moléculaire
- Relisez et ajustez le résultat
Aperçu du contenu
Fichiers
- LICENSE1,1 Ko
- NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
- references/mdanalysis_analysis.md9,4 Ko
- references/system_preparation.md4,9 Ko
- SKILL.md19 Ko
Origine et licence
Référencée sans modification
- Auteur
- k-dense-ai
- Source
- github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills/tree/5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62/skills/molecular-dynamics
- Licence
- MIT
Notice
« molecular-dynamics » (k-dense-ai, MIT) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.
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