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Traitement de molécules avec Datamol (RDKit) v1.0.0

Utilisez cette ressource pour traiter des molécules : lecture, standardisation, descripteurs et empreintes

Nouveau

  • 401 téléchargements
  • 108 mentions J'aime
  • 193 sauvegardes

Gratuit

Installer avec la CLI

Dans un terminal, depuis le dossier voulu :

npx --yes palatekit@latest install molecule-processing-rdkit

Sans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.

Première fois : connectez la CLI avec

npx --yes palatekit@latest login

L'agent convertit les SMILES, standardise les structures et calcule descripteurs et empreintes avec les réglages par défaut de Datamol. Vous obtenez des objets RDKit natifs et un code de traitement par lots.

Choisie surtout par

Mise à jour le 2 novembre 2026

Carte de la skill « Traitement de molécules avec Datamol (RDKit) »

Caractéristiques

Guides d'installation
Génère avec
Le modèle de votre agent
Licence
Apache-2.0

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Tout voir

Ce que vous obtenez

  • SKILL.md : installation, flux de travail et bonnes pratiques
  • references/ : API, conformères, descripteurs, fragments, entrées-sorties et réactions

Pour qui

  • Vous préparez une bibliothèque de molécules avant un criblage
  • Vous voulez des empreintes pour un modèle de machine learning

Pas pour qui

    Étiquettes

    • molécules
    • RDKit
    • cheminformatique

    À propos

    Vous dites

    « Standardise ce fichier SMILES et calcule les descripteurs de Lipinski pour chaque molécule. »

    Carte de la skill « Traitement de molécules avec Datamol (RDKit) »

    Skill publiée par k-dense-ai sous licence Apache-2.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.

    Voir plus

    Comment l'utiliser

    1. Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
    2. Demandez à votre agent de traiter des molécules : lecture, standardisation, descripteurs et empreintes
    3. Relisez et ajustez le résultat

    Aperçu du contenu

    Fichiers

    • LICENSE1,1 Ko
    • NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
    • references/conformers_module.md4,5 Ko
    • references/core_api.md4,8 Ko
    • references/core_workflows.md9 Ko
    • references/descriptors_viz.md4,8 Ko
    • references/fragments_scaffolds.md4,3 Ko
    • references/io_module.md4,5 Ko
    • references/reactions_data.md4,4 Ko
    • references/review.md3,3 Ko
    • references/workflow_patterns.md5,4 Ko
    • SKILL.md10,9 Ko

    Origine et licence

    Référencée sans modification

    Auteur
    k-dense-ai
    Source
    github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills/tree/5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62/skills/datamol
    Licence
    Apache-2.0

    Notice

    « datamol » (k-dense-ai, Apache-2.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.

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