GratuitSkills
Commits, branches et synchronisation avec la CLI but
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Compatible avec
- Claude Code
- Codex
- Cursor
- et 3 autres
Construire et déboguer des pipelines Nextflow v1.0.0
Utilisez cette ressource pour écrire, exécuter et déboguer des pipelines Nextflow et nf-core
Nouveau
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Gratuit
Installer avec la CLI
Dans un terminal, depuis le dossier voulu :
npx --yes palatekit@latest install nextflow-pipeline-developmentSans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.
Première fois : connectez la CLI avec
npx --yes palatekit@latest loginL'agent écrit les processus et les canaux, règle la configuration et les conteneurs, puis diagnostique les exécutions échouées ou reprises. Vous obtenez un pipeline structuré, sa configuration et les étapes de test.
Choisie surtout par
Mise à jour le 2 novembre 2026
Aperçus
Caractéristiques
- Fonctionne dans
- Guides d'installation
- Génère avec
- Le modèle de votre agent
- Licence
- Apache-2.0
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Compatible avec- Claude Code
- Codex
- Cursor
- et 3 autres
Ce que vous obtenez
- SKILL.md : installation, modes de travail et démarrage rapide
- references/ : langage, configuration, conteneurs, tests, outils nf-core et exécution
Pour qui
- Votre script d'analyse doit tourner sur un cluster SLURM
- Une exécution Nextflow a échoué et doit reprendre
Pas pour qui
Étiquettes
- Nextflow
- pipeline
- nf-core
À propos
Vous dites
« Ajoute un processus de contrôle qualité à mon pipeline Nextflow et configure Docker. »
Skill publiée par k-dense-ai sous licence Apache-2.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.
Voir plusVoir moins
Comment l'utiliser
- Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
- Demandez à votre agent de écrire, exécuter et déboguer des pipelines Nextflow et nf-core
- Relisez et ajustez le résultat
Aperçu du contenu
Fichiers
- LICENSE1,1 Ko
- NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
- references/configuration.md12,9 Ko
- references/containers.md5,4 Ko
- references/developing.md16,9 Ko
- references/language.md18,5 Ko
- references/nf-core-tools.md7 Ko
- references/running-pipelines.md8,1 Ko
- references/testing.md9,2 Ko
- SKILL.md14,8 Ko
Origine et licence
Référencée sans modification
- Auteur
- k-dense-ai
- Source
- github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills/tree/5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62/skills/nextflow
- Licence
- Apache-2.0
Notice
« nextflow » (k-dense-ai, Apache-2.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.
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