GratuitSkills
Commits, branches et synchronisation avec la CLI but
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Compatible avec
- Claude Code
- Codex
- Cursor
- et 3 autres
Accélération GPU d'un workflow génomique v1.0.0
Utilisez cette ressource pour accélérer un workflow génomique avec Parabricks sans supprimer le chemin CPU
Nouveau
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Gratuit
Installer avec la CLI
Dans un terminal, depuis le dossier voulu :
npx --yes palatekit@latest install genomics-pipeline-gpu-accelerationSans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.
Première fois : connectez la CLI avec
npx --yes palatekit@latest loginL'agent inventorie les étapes CPU, les associe aux outils Parabricks, ajoute des paramètres d'activation qui gardent le chemin CPU par défaut, puis compare les sorties et les temps d'exécution. Il ne donne ni interprétation clinique ni recommandation de traitement. Vous obtenez un workflow à deux chemins et un rapport de comparaison.
Choisie surtout par
Mise à jour le 2 novembre 2026
Aperçus
Caractéristiques
- Fonctionne dans
- Guides d'installation
- Génère avec
- Le modèle de votre agent
- Licence
- CC-BY-4.0
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Compatible avec- Claude Code
- Codex
- Cursor
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Ce que vous obtenez
- references/parabricks-tool-map.md : correspondance des outils
- references/comparison-checklist.md : liste de comparaison
- references/nf-core-parabricks-map.md : correspondance avec nf-core
Pour qui
- Votre pipeline CPU est trop lent et vous voulez tester le GPU sans le remplacer
- Vous devez prouver que les sorties GPU concordent avec le CPU
Pas pour qui
Étiquettes
- génomique
- Parabricks
- GPU
- workflow
À propos
Vous dites
« Ajoute une étape Parabricks optionnelle à mon pipeline nf-core et compare les sorties. »
Skill publiée par nvidia sous licence CC-BY-4.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.
Voir plusVoir moins
Comment l'utiliser
- Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
- Demandez à votre agent de accélérer un workflow génomique avec Parabricks sans supprimer le chemin CPU
- Relisez et ajustez le résultat
Aperçu du contenu
Fichiers
- BENCHMARK.md7,8 Ko
- evals/evals.json5,4 Ko
- LICENSE11,3 Ko
- NOTICE-PALATEKIT.md0,5 Ko
- references/comparison-checklist.md2,1 Ko
- references/nf-core-parabricks-map.md3 Ko
- references/parabricks-runtime-readiness.md2,5 Ko
- references/parabricks-tool-map.md2,5 Ko
- references/step-consolidation.md3,6 Ko
- references/workflow-frameworks.md4,9 Ko
- references/workflow-layout.md3,4 Ko
- skill-card.md5,6 Ko
- SKILL.md13,3 Ko
- skill.oms.sig6,2 Ko
Origine et licence
Référencée sans modification
- Auteur
- nvidia
- Source
- github.com/nvidia/skills/tree/ca116d60beafe1b4459f0ab790b7b450912c56b0/skills/bionemo-genomics-workflow-acceleration
- Licence
- CC-BY-4.0
Notice
« genomics-workflow-acceleration » (nvidia, CC-BY-4.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.
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