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Assemblages génomiques : disponibilité, qualité et réplicons v1.0.0

Utilisez cette ressource pour trouver et contrôler la qualité d'un assemblage génomique microbien

Nouveau

  • 330 téléchargements
  • 225 mentions J'aime
  • 155 sauvegardes

Gratuit

Installer avec la CLI

Dans un terminal, depuis le dossier voulu :

npx --yes palatekit@latest install microbial-genome-assembly-qc

Sans option, la skill va dans ~/.agents/skills/ ; ajoutez --agent claude-code (ou codex, cursor…) pour viser un agent.

Première fois : connectez la CLI avec

npx --yes palatekit@latest login

L'agent résout l'organisme, inventorie les assemblages, choisit la meilleure référence, extrait les métriques de qualité et énumère les chromosomes et plasmides. Il compare les candidats quand c'est utile.

Choisie surtout par

Mise à jour le 2 novembre 2026

Carte de la skill « Assemblages génomiques : disponibilité, qualité et réplicons »

Caractéristiques

Guides d'installation
Génère avec
Le modèle de votre agent
Licence
Apache-2.0

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    • Claude Code
    • Codex
    • Cursor
    • et 3 autres

Ce que vous obtenez

  • evals/evals.json : cas d'évaluation
  • SKILL.md : inventaire, sélection et métriques de qualité

Pour qui

  • Vous cherchez le génome de référence d'une souche
  • Vous voulez compter les plasmides d'une bactérie

Pas pour qui

    Étiquettes

    • génome microbien
    • NCBI Datasets
    • N50
    • plasmides

    À propos

    Vous dites

    « Quel est le génome de référence d'Escherichia coli K-12, et combien a-t-il de plasmides ? »

    Carte de la skill « Assemblages génomiques : disponibilité, qualité et réplicons »

    Skill publiée par mims-harvard sous licence Apache-2.0. Fichiers livrés dans leur version d'origine, en anglais.

    Voir plus

    Comment l'utiliser

    1. Installez la skill dans le dossier de skills de votre agent
    2. Demandez à votre agent de trouver et contrôler la qualité d'un assemblage génomique microbien
    3. Relisez et ajustez le résultat

    Aperçu du contenu

    Fichiers

    • evals/evals.json1,8 Ko
    • LICENSE11,1 Ko
    • NOTICE-PALATEKIT.md0,6 Ko
    • SKILL.md12,9 Ko

    Origine et licence

    Référencée sans modification

    Auteur
    mims-harvard
    Source
    github.com/mims-harvard/tooluniverse/tree/169d065deeb3e289b3ff36d665529a123bdad791/skills/tooluniverse-microbial-genome-characterization
    Licence
    Apache-2.0

    Notice

    « tooluniverse-microbial-genome-characterization » (mims-harvard, Apache-2.0) livré dans sa version d'origine : fiche en français et en anglais par PalateKit.

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